当朱由榔麾下的忠贞营与忠武营与大西军在贵州、四川一带激战的时候，身在福建的鲁王朱以海却通过火并中左所（厦门）的郑彩余部稳定了内部同时发兵与福建的清军在建宁、福州一带激战。
永历二年十月底的时候他已经将清军基本驱逐出福建，清军在福建只剩下孤城一座也就是省会福州以及一个府就是连接浙江的要道建宁府。
这两个地方之所以未曾被攻克则是因为福州城高墙厚城内又有福建为数不多的真八旗五百人，他们知道城破之后明军绝对不会放自己生路于是拼死抵抗；而建宁的浦城则是因为满清闽浙总督张存仁亲自坐镇抽调了不少清军精锐所以才能屡次击败明军守住退路，为此他多次向江南的谭泰、洪承畴、马国柱等人求援。
谭泰等人见武昌有朱由榔坐镇无隙可乘于是就派人将原弘光朝江北四镇的黄得功旧部田雄、马得功二人领着绿营军南下汇合浙江的绿营一起支援张存仁。
田雄、马得功二人靠出卖弘光帝而被多铎赏识加入了八旗汉军并将儿子送到北京做了顺治的侍卫其实就是人质，他们自然在对付明军方面十分卖力。
这些人虽然无耻但是他们的战力却不容小觑，他们到了张存仁麾下之后多次以少胜多击败福建的明军，要不是朱由榔牢牢吸引住了八旗主力给他们减轻了压力，恐怕福建明军早就会被打垮。当然这些福建义军组成的明军虽然战力不强但是一腔热血士气高昂他们在鲁王麾下屡败屡战也替朱由榔分担了压力，可以说双方形成了犄角之势。
而一直在默默发育的郑成功在吞并了郑彩的船队以及水手之后实力暴增又攻占了漳州，他见福建都在鲁王控制之下没了自己出兵的通道又不愿臣服于鲁王。
于是郑成功从永历二年八月起多次派人联络舟山的黄斌卿谋图浙江企图从海路进攻宁波一带，结果黄斌卿虽然坚决抗清但是他更倾向于割据舟山并不肯与郑成功联合，还觊觎日本商道的厚利多次出兵劫掠郑成功到日本交易的船队。
最终郑成功在忍无可忍的情况下于十月发兵攻打黄斌卿，结果在郑氏水师的优势兵力打击下黄斌卿战死舟山群岛被郑成功夺取。夺取舟山之后郑成功一方面派人到江南与满清虚与委蛇争取时间同时也是想将父亲郑芝龙从北京给救出来，一方面又偷偷派人到南京一带与老师钱谦益联络，在年轻的郑成功心里有了一个惊人的大计划那就是从长江偷袭南京。
身在南京的洪承畴老奸巨猾，他自然看穿了郑成功不是真心归顺于是也调集兵力加强防备同时派人到北京请多尔衮出面逼着郑芝龙给郑成功写信招降，双方可以说是信使往来不绝。
然后洪承畴故意将清廷方面与郑成功的往来消息泄露给武昌的朱由榔，企图离间朱由榔与郑成功方面的关系。一些不明真相的人得知消息之后被洪承畴欺骗以郑成功擅自杀害勋爵（黄斌卿）与东虏往来为由多次向朱由榔进谏要求断绝与郑成功的贸易往来，出兵夺取潮州、漳
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