冯锡范的第一舰队朝马尼拉湾方向靠近，外海西班牙的警戒舰发现便连忙通报，港内的西班牙舰队立即驶出迎战，两军甫一接战，冯锡范便令一、二战队向西朝海南岛三亚方向撤退，留下自己的旗舰与第三战队继续作战，这个举动让西班牙舰队指挥官认为排湾军舰队惧战，才会不顾旗舰指挥官安危，自行撤退，便下令各舰朝冯锡范旗舰猛烈炮击，冯锡范这时才命令第三战队也随同西撤，西班牙舰队不疑有他，便全数追击冯锡范。
而刘国轩的第二舰队则带领着陆战队登陆船团向马尼拉湾接近，而施琅的特种部队已先行进入吕宋岛东部海域，勘查地形与侦搜敌军兵力部署、弹药存放等特种作战先期准备工作，掌握敌军详细情资。第二舰队进入马尼拉湾时与西班牙的岸炮互相驳火射击，西班牙士兵一见排湾军舰队的规模，认为排湾军要进行登陆，便赶紧通报马尼拉城的总督派兵增援，城内的西班牙守军便只留下总督府的一个警卫连及负责城门守备的一个守备营留守，总兵力不超过七百人，而施琅率领的两个陆战队侦搜营就已经超过一千人，全体队员均是由台湾高山族勇士徵选而来，经过半年山地、水中、体能、爆破等严格训练後，通过结训测验的勇士才能成为队员。
施琅趁夜幕低垂的深夜展开代号“俘酋”行动，侦搜一营的勇士潜伏至马尼拉城边，这马尼拉城属西班牙式建筑，目的只是西班牙做为殖民之用，因此只是简易的阻绝土着进入，已土石堆累用以防御，拱卫居中的总督府，侦搜一营第一排战士以无声武器袭杀东墙的警戒士兵，掩护第一营各连进入，第二营则在东墙外埋伏，伺机策应。第一连第一排继续前进，找寻西班牙弹药库存放位置，执行爆破，二、三排则潜入总督府执行俘酋任务，而第二第三连则分由左右两侧袭杀警戒兵，控制边墙及堡垒。
突然一声轰天巨响，伴随着冲天巨焰，第二、三排则趁西班牙军对突然变故不及反应之际，射杀总督府的警卫士兵，直接进入总督府逮补西班牙总督，而施琅在城外一看，便知道第一营已经成功得手，便命第二营进入城内协同第一营扫荡西班牙军，西班牙军这时除部分兵力赶往救火外，其余的士兵则赶往城墙堡垒，进入战备位置，结果一靠近墙边便遭遇排
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