在东京市千代田区一条街的某东别墅里，小智坐在阳台沙发上，遥望着夜晚的美丽景色。
自从特殊副本开启后，小智就在十分钟后，被系统强制性的穿越到了这个叫做名侦探柯南的副本里。
在小智穿越的那一刻，神奇宝贝世界的时间，仿佛被冻结了一样，所有的生命全都静止了起来，就连沉睡中的阿尔宙斯也是一样。
名侦探柯南，小智在前世的时候看过一点，也知道一些剧情，只是没有追的那么细，主要的内容就是一个叫做工藤新一的高中生，在关东地区被称作平成年代的福尔摩斯，号称没有他破不了的案子。
后来在一次和青梅竹马在游乐园乘坐云霄飞车的时候，发现了两个行动诡异的黑衣男子，于是便甩开青梅竹马的毛利兰追了上去，不料却被对方发现。
在被打昏的那一刻，被黑衣男子灌下了一种叫做aptx4869的神秘毒药，然而工藤新一在被灌下毒药后，并没有因此而死，反而因为毒药的副作用，让身体返回到了小孩的状态。
为了不使周围的人受到牵连，他便化作江户川柯南，寄住在青梅竹马的毛利兰家里，利用阿笠博士发明的手表型麻醉枪让毛利兰的父亲毛利小五郎沉睡，接着用蝴蝶结变声器模仿毛利小五郎的声音进行推理。
在利用侦探毛利小五郎解决各种案件的同时，江户川柯南也在调查着让他身体变小的黑衣人。
这些就是名侦探柯南的大概剧情，小智穿越的时间点是剧情开始的前三年，这点小智已经在系统哪里确认过了。
而且小智还发现，他的实力受到了极大的限制，各种忍术无法使用，神之眼被封印，只留下了三勾玉写轮眼，
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